La Junta General està formada pels membres del Ple Municipal de l'Ajuntament del Prat de Llobregat, és l'organ suprem de la Societat, les seves funcions venen definides pel RDL 1/2010 de 2 de juliol (Llei de Societats de Capital) i pels estatus socials.
La Junta General nomena el Consell d'Administració que és l'òrgan que té la facultat d'exercir l'administració i representació de la Societat.
El Consell d'Administració d'Aigües del Prat, SA està format pels següents membres:
President
Lluís Mijoler Martínez
Vicepresidente
Juan Pedro Pérez Castro
Consejeros
Joaquim Bartolomé Capdevila
Alba Bou Jordà
Esther García Fernández
Jordi Ibern i Tortosa
Jorge Monteagudo González
Rafael Millán Carracedo
Gerald Valverde i Polo
Secretari no conseller
Josep Mateo Marqués
Així mateix, la Junta General nomena un Director Gerent que té com a funció principal exercir la direcció general de l'empresa i complir els acords que determinen tant la Junta General com el Consell d'Administració.
Director Gerent
Aureliano Garcia Ruz